L’ISSP est un institut universitaire. A ce titre, il bénéficie d’un système de pilotage plus efficace et d’une réorganisation plus efficiente. L’institut est administré par un Directeur assisté d'un Directeur Adjoint chargé des Affaires académiques et scientifiques.

Ses instances délibérantes sont : le Conseil de Gestion, le Conseil Scientifique, l'Assemblée des Unités de Formation ou de Recherche. Les Unités de Formation ou de Recherche intègrent à la fois des chercheurs, des enseignants-chercheurs de l’ISSP et d’autres structures de l’Université Joseph KI-ZERBO intéressés et compétents en la matière.

Les Unités ont été créées en vue d’harmoniser les questionnements scientifiques et  de donner une cohérence globale aux projets de recherche. L’ISSP compte deux Unités de Formation qui assurent le volet Enseignement et Formation, et trois Unités de Recherche  en plus de l'Observatoire de Population de Ouagadougou (OPO).